Während seiner Kindheit war das Verhältnis zwischen Dietrich Bonhoeffer, seinen Geschwistern und ihrem Vater von klaren Regeln geprägt. So durften sie beispielsweise ihren Vater weder in seinem Arbeitszimmer, noch in der Sprechstunde stören. Auch während der Mahlzeiten durfte nur der das Wort erheben, der gefragt wurde. Somit erreichten nicht alle Kindernöte den Vater, der sich an den Feiertagen jedoch ausschließlich für seine Kinder Zeit nahm. Durch sein ruhiges, aber bestimmtes Auftreten machte er so viel Eindruck auf seine Kinder, dass jeder Widerspruch verging.

Diese Wirkung nutzte Karl Bonhoeffer auch, um seine Kinder zu unterstützen. Als über Dietrich Bonhoeffer Ende der 1930er Jahre ein Aufenthaltsverbot für Berlin verhängt wurde, setzte er sich sofort dafür ein, dass dieses aufgehoben wurde. Er konnte jedoch nur eine Abmilderung erreichen. Zu diesem Zeitpunkt hatte Dietrich Bonhoeffer bereits wieder ein eigenes Zimmer im Haus seiner Eltern, in dem er jederzeit willkommen war und das sich am meisten als Bonhoeffers Wohnsitz beschreiben lässt, auch wenn er polizeilich in anderen Orten gemeldet war.

Auf Dietrich Bonhoeffers Bitte hin setzte sich Karl Bonhoeffer mit Friedrich von Bodelschwingh in Verbindung und half diesem, ärztliche Begründungen dafür zu erhalten, dass dieser seine Patienten nicht an das NS-Regime ausliefern musste. Abseits davon beteiligte sich Karl Bonhoeffer jedoch nicht aktiv an Aktionen des Widerstands, unterstützte jedoch seine Kinder und Schwiegersöhne.

Es ist Karl Bonhoeffer, der seinem Sohn Dietrich im April 1943 die Ankunft der Gestapo mitteilt und somit darüber informiert, dass man ihn nun verhaften werde. Das war jedoch noch nicht der Abbruch des Kontakts, sondern per offiziellen und geschmuggelten Briefen und Büchern wurden weiterhin Informationen ausgetauscht. Dietrich Bonhoeffer hat sich dabei seinen Eltern gegenüber zurückhaltender über seine Wünsche und Ungeduld geäußert, da es so seiner Erziehung entsprach. Vermisst hat er Eltern und Geschwister allerdings so sehr, dass er selbst von Heimweh sprach.

Nach Bonhoeffers Verlegung in die Prinz-Albrecht-Straße brach der Kontakt zunehmend ab, bis man Karl bonhoeffer und seiner Frau überhaupt keine Auskunft mehr über Dietrich Bonhoeffers Befinden und Verbleib gab.