1931 kehrte Bonhoeffer nach Deutschland zurück in ein Land, das vor einem politischen Umsturz stand. Neben seiner Tätigkeit als Privatdozent an der Universität übernahm er das Studentenpfarramt an der Technischen Hochschule. In dieser Zeit begann auch seine ökumenische Arbeit. Er wurde zum Jugendsekretär des "Weltbundes für Freundschaftsarbeit der Kirchen gewählt.

Am meisten aber beschäftigte Bonhoeffer in dieser Zeit eine Konfirmandengruppe im Stadtteil Prenzlauer Berg. Mit dieser Konfirmandengruppe aus einem sozialen und politischen Brennpunkt war der zuständige Pfarrer nicht zurechtgekommen. Bonhoeffer ließ die Konfirmanden zunächst toben, dann stellte er sich wortlos vor sie an die Wand und begann leise, sehr leise von den schwarzen Jungen in Harlem zu erzählen. Die Konfirmanden konnten nicht anders als zuzuhören und waren bald fasziniert. Allmählich bekam Bonhoeffer engen Kontakt zu diesen in bedrückenden Verhältnissen lebenden Jungen. Er kümmerte sich persönlich um sie, verbrachte Wochenenden mit ihnen, nahm sie in das Ferienhaus der Familie in Friedrichsbrunn im Harz mit und sorgte mit Hilfe der Mutter dafür, dass jeder der Jungen einen Konfirmationsanzug erhielt.