Hans Böhm und Dietrich Bonhoeffer waren verbunden durch ihren Einsatz für die ökumenische Bewegung. In der Vorläufigen Leitung der Deutschen Evangelischen Kirche (DEK) ab März 1936 war Pfarrer Dr. Böhm Ökumene-Referent, lic. Bonhoeffer im ökumenischen Beirat. Während der Leitungs- und Beirats-Sitzung am 20.5.1936 wurde erörtert, ob die ökumenische Bewegung die BK als allein rechtmäßige DEK-Vertretung anerkennen würde (das sah man skeptisch) und wie ein eigenes Außenamt zu errichten wäre (dem standen unüberwindliche Schwierigkeiten im Wege). Eine große ökumenische Konferenz im Juli 1937 in Oxford war geplant. Ihrer Vorbereitung diente eine Sitzung in Chamby sur Montreux 21.-25.8.1936. Eingeladen als Delegierte der BK nahmen Böhm und Bonhoeffer teil. Aber im Sitzungsbericht des vom NS-Staat anerkannten Kirchlichen Außenamts in Berlin galt Bonhoeffer als beratendes Mitglied und Böhm als Gast. In der Dokumentation der Ökumene-Zentrale in Genf blieb die BK unsichtbar. 

Im Februar 1937 flogen Böhm und Bonhoeffer gemeinsam nach London, um auf Oxford-Vorbereitungssitzungen (16.-24.2.) die BK zu vertreten. Bonhoeffer führte Böhm ein bei dem Bischof von Chichester George Bell, dem Ökumeniker und Freund der BK. Aber nach diesen Februar-Tagen war die BK nie mehr auf einer regulären ökumenischen Sitzung präsent, die Versammlungen des werdenden Ökumenischen Rates der Kirchen (zur Gründung kam es erst 1948) fanden ohne sie statt. Für die Dauer des NS-Regimes beherrschte das Berliner Kirchliche Außenamt das ökumenische Feld allein. 

Im September 1938 kündigte Hitler militärische Hilfe für die Sudetendeutschen an. Martin Albertz, Vorsitzender der VL, und Hans Böhm gaben für den Gottesdienst der Gemeinden am 30.9. zum Gebet um Abwendung der Kriegsgefahr eine Liturgie heraus, die ein mutiges Schuldbekenntnis für das deutsche Volk enthielt. Aufruhr auf breiter Front von der SS bis zu Lutheranern: Landesverrat! Der Reichsminister für die kirchlichen Angelegenheiten veranlasste ein Disziplinarverfahren. Daraufhin wurden im Frühjahr 1940 Albertz und Böhm die Rechte des geistlichen Standes abgesprochen. Am 30.5.1940 ging ein Schreiben an die Disziplinarkammer des Konsistoriums der Mark Brandenburg: Männer, deren vaterländische Verdienste im Ernst nicht angezweifelt werden können und die nach dem Zeugnis der Schrift und der lebendigen Gemeinde das Recht des geistlichen Standes und die Berufung zum Dienst am Wort haben, sollen zur Strecke gebracht werden jetzt im Krieg? Ihr Regiment, meine Herren, sehe ich jedenfalls in keiner Weise als verteidigungswert an. Verfasser: Erich Klapproth, Pastor, Frontsoldat in Belgien. Klapproth war 1936/37 im BK-Predigerseminar Finkenwalde gewesen; er protestierte ganz in Bonhoeffers Sinn. 

Als Bonhoeffer am 8.10.1944 in das Gefängnis des Reichssicherheitshauptamts in Berlin eingeliefert wurde, war Böhm schon seit dem 1.10. dort.