Am 24. Juni 1933 war in Preußen von der nationalsozialistischen Regierung ein Staatskommissar eingesetzt worden, um den »Kirchenstreit« für und gegen Ludwig Müllers Anspruch auf das Reichsbischofsamt zu beenden; statt dessen brach ein Proteststurm los. Mitte Juli trat Theodor Heckel, Dezernent für die Auslandsgemeinden, an Bonhoeffer heran: ob er Pfarrer von zwei Gemeinden in London werden wolle. Bonhoeffer sagte Mitte August zu. – Unter einer Erklärung von Berliner Pfarrern (»… Wir werden nicht aufhören, gegen jede Verletzung des Bekenntnisss laut und vernehmlich Einspruch zu erheben …«) an die Nationalsynode in Weimar, die am 27. September Müller zum Reichsbischof wählte, stand Bonhoeffers Name als erster. – Zehn Tage vor der Abreise nach London erhielt Bonhoeffer einen Anruf von der Kirchenkanzlei in Berlin, es gebe Schwierigkeiten wegen seiner oppositionellen Haltung den »Deutschen Christen« gegenüber, deren  erklärter »Schirmherr« Müller war. Eine Unterredung mit Müller kam zustande. Bonhoeffer schrieb am 4.10.1933 an Heckel, er habe soeben mit dem Herrn Reichsbischof über seine Entsendung nach London gesprochen und dargelegt, »die Sache der Deutschen Christen auch draußen ehrlicherweise nicht vertreten« zu können; es würde unvermeidlich sein, sich »zu den Fragen der deutschen Kirche und der Deutschen Christen« zu äußern. »Darf ich Sie bitten, diesen Brief zu den Akten zu nehmen?« Ebenso zu den Akten wurde ein Vermerk Heckels vom 6.10. genommen, der »die Zustimmung des Herrn Privatdozenten Lic. Bonhoeffer« fand: Der Herr Reichsbischof hat auf das Gespräch am 4.10. hin »den unterzeichneten Referenten zu einer besonderen Rücksprache gebeten« und »dahin entschieden, dass die Entsendung des Privatdozenten B. erfolgen könne«. In einer nochmaligen Unterredung des Referenten Heckel mit Bonhoeffer habe Einigkeit darüber bestanden, dass Bonhoeffer sich in seiner ökumenischen Arbeit bemühen werde, »im positiven Sinne auf den theologischen Ernst und die Schwierigkeit der heute aufgebrochenen Fragen hinzuweisen«. – Ein schwedischer Auslandspfarrer in Berlin berichtete seinem Erzbischof am 6.10., Bonhoeffer sei zum Reichsbischof gerufen und befragt worden, ob er weiterhin zu seiner Unterschrift stehe; Bonhoeffer habe das unter Hinweis auf das Augsburger Bekenntnis von 1530 bejaht und CA  VII »De ecclesia« auf Latein zitiert; dabei sei Müller ein wenig übel zumute geworden, und er  habe vorgeschlagen, das Gespräch später fortzusetzen. Bonhoeffer schrieb aus London am 24.10. an Karl Barth, Müller, der »einen unsäglich dürftigen Eindruck« machte, habe ihn beruhigen wollen: er hätte »bereits angeordnet, dass die bestehenden Gegensätze ausgeräumt werden«. Dem zwangsemigrierten Friedrich Siegmund-Schultze teilte Bonhoeffer am 6.11.1933 mit, es habe noch einmal »einen fürchterlichen Sturm gegeben über meine Aussendung; der Referent Theodor wäre darüber fast zu Fall gekommen … Aber schließlich hatte der Reichsbischof die Entscheidung ja auf sich genommen«. – In London unternahm Bonhoeffer alles ihm Mögliche, die Auslandsgemeinden von der »Müllerkirche« zu lösen und auf die Amtsenthebung Müllers hinzuwirken. – Nachdem im Herbst 1935 Müllers Befugnis zur Leitung der Reichskirche erloschen war, erschien 1936 im Verlag Deutsche Christen Weimar/Thüringen sein Buch Deutsche Gottesworte. Die amtierende Leitung, der Reichskirchenausschuss, erklärte am 17.4.1936 in einem Gutachten, Müller sage sich mit dieser Schrift von der evangelischen Kirche und ihrer Lehre los. Dazu stellte Bonhoeffer im Juni 1936 fest, eine »echte Lehrentscheidung in Sachen der Deutschen Christen« müsste viel weiter gehen. In seinem Exemplar der Schrift Müllers unterstrich er im Vorwort: »Für Euch, meine Volksgenossen im Dritten Reich, habe ich die Bergpredigt ‘verdeutscht’, nicht ‘übersetzt’«, und schrieb bei »Volksgenossen« an den Rand: »nicht: Gemeinde?«. Markierungen gibt es in Bonhoeffers Exemplar nur auf den ersten Seiten. Bonhoeffer selber hatte seit 1934 eine Auslegung der Matthäus-Kapitel 5-7 geschrieben, die zur Mitte seines Buches Nachfolge wurde; in diesem Sommer legte er zusätzlich Matthäus 9-10 aus und schrieb zu Mt 9,36: »Wo war der gute Hirte, den dieses Volk brauchte?« Dass es »misshandelt am Boden« lag, hatte »der Missbrauch des Wortes Gottes durch die berufenen Diener am Wort« angerichtet.