Am 18.12.1928 schrieb Karl Bonhoeffer seinem Sohn Dietrich, damals Vikar in Barcelona, der Hallenser Dogmatiker, Wilhelm Lütgert, sei angefragt worden als eventueller Nachfolger auf Seebergs Lehrstuhl in Berlin. Dietrich Bonhoeffer reagierte im Brief vom 6.2.1929: Ich kenne Lütgert nur von einem Vortrag, wo er mir sehr mißfiel … Für meine Arbeit wird Lütgert noch weniger Verständnis haben als Seeberg, bei dem Bonhoeffer 1927 seine Dissertation geschrieben hatte. Lütgert begann im April 1929 zu lehren; Bonhoeffer, nach Berlin zurückgekehrt, wurde sein unbezahlter Hilfsassistent im systematischen Seminar und bekam mit der Prüfung studentischer Seminararbeiten und dem Umzug in neue Räume viel zu tun. Dennoch wurde seine Habilitationsschrift Akt und Sein Ende Februar 1930 fertig. Lütgert bescheinigte im Gutachten vom 15.4.1930 anerkennend, ihr Verfasser habe seine Selbständigkeit allen übernommenen Anregungen gegenüber zu wahren verstanden. Er vermittelte, dass Bonhoeffers Arbeit in seiner und Schlatters Reihe bei Bertelsmann im September 1931 gedruckt wurde. – Nach dem akademischen Jahr, das Bonhoeffer in den USA verbrachte (September 1930 bis Juni 1931) – Lütgert hatte ihn dem Akademischen Austauschdienst mit Schreiben vom 10.1.1930 als einen unserer begabtesten jüngeren Theologen empfohlen – war Bonhoeffer wieder bei Lütgert Assistent, nun gegen Vergütung, und musste sich um Seminar-Räume und -Bibliotheken kümmern neben seiner eigenen Lehre als Privatdozent und vielfältigen weiteren Aufgaben. Vor den von Hitler für den 23.6.1933 angeordneten Kirchenwahlen agitierte die Glaubensbewegung Deutsche Christen heftig für Ludwig Müller als Reichsbischof. Bei einer Diskussionsveranstaltung am 22.6.1933 in der Berliner Universität vor etwa 2000 Studierenden zum Thema Der Kampf um die Kirche sprach unter anderen Bonhoeffer, die Hörer beeindruckend. Lütgert als Schlussredner warnte vor der Gefahr einer Staatskirche: Kirche und Staat hätten verschiedenen Auftrag von Gott. – Mit Bedauern sah Lütgert Bonhoeffer und andere junge Theologen im Kirchenkampf durch Karl Barths Einfluss radikalisiert. Mitte November 1934 trat er selber der Bekennenden Kirche bei. Ende des Wintersemesters 1934/35 wurde er entpflichtet mit Vorlesungsverbot wegen seiner Ablehnung der Deutschen Christen. – Lütgerts im Jahre 1938 nach seinem Tode erschienene Ethik der Liebe nahm Bonhoeffer gründlich zur Kenntnis; davon zeugen in seinem Exemplar zahlreiche An- und Unterstreichungen, ! und ?, besonders dicht im Kapitel über den Staat. In Bonhoeffers Notizen für eine Ethik, im Text Staat und Kirche und in Ethik-Manuskripten kommen immer wieder Anklänge an die Ethik der Liebe vor. Im letzten Ethik-Manuskript, kurz vor seiner Verhaftung am 5.4.1943, mahnt Bonhoeffer, in ähnlichem Sinne wie Lütgert bei der Kampfversammlung 1933, zur Sorgfalt beim Unterscheiden des Auftrags der Kirche vom Auftrag des Staates. Auch in den in der Haft entstandenen Fragmenten eines Dramas und eines Romans klingen Stellen aus Lütgerts Buch an. Bonhoeffer nennt, nach seiner Gewohnheit, den Namen seines literarischen Gesprächspartners nicht. Aber Lütgerts Anregungen gefallen ihm, und er wahrt ihnen gegenüber seine Selbständigkeit, wie es Lütgert an Bonhoeffers Habilitationsschrift gefallen hatte.